O Clube Sportivo Sergipe foi fundado em 17 de outubro de 1909, uma semana após o surgimento do primeiro clube esportivo de Aracaju, o Cotinguiba Esporte Clube, ambos dedicados exclusivamente aos esportes náuticos, especialmente o remo. Existe uma versão, de que o Sergipe nasceu a partir de uma facção do Cotinguiba, insatisfeita com o nome dado a este clube. Estes dissidentes teriam resolvido, então, fundar outro clube com o verdadeiro nome do rio onde seriam disputadas as competições: o rio Sergipe.

O Sergipe é o maior vencedor da história do Campeonato Sergipano de Futebol, com 34 títulos, e o clube de maior torcida do estado. Fundado em 17 de outubro de 1909, apenas seis dias após a criação do primeiro clube do estado, o Cotinguiba Esporte Clube, o Sergipe era voltado exclusivamente para competições de remo, esporte bastante popular na época. O clube conquistou 13 campeonatos estaduais dessa modalidade entre os anos de 1911 e 1946. Gradativamente, o futebol ganhava cada vez mais destaque durante o século XX, e em 1922 o Sergipe conquistava seu primeiro título estadual.